Учёные ищут инопланетное послание в генетическом коде человека 02.04.2013 17:07

Рис. 1. Генетический код. (- ) Традиционное представление стандарта, или универсальные, код. Кодонов кодирования той же аминокислоте форме синонимичных серии обозначать с открытия скобки. Количество кодонов в серии определяет его избыточности (вырождение). Всего кодон семей состоят из одной серии избыточности IV. Другие семьи разделились. Большинство сплит семей, делятся пополам на две серии избыточности II каждый, один заканчивая пиримидинов {T, C}, а другой с пуринов {A, G}. Три кодонов в стандартный код не отображаются в любой аминокислоты и используются как Стоп в переводе. В Пуск обычно обозначается ATG кода, который Встретил. Закрывающая фигурная скобка показывает только разницу между euplotid и стандартный код. (b) Контракт представление euplotid версии. Синонимы полный-размер кодонов, заменены на единый контракт серии в сочетании с третьей базы. FASTA обозначения: R и Y стенд для пуринов и пиримидинов, соответственно, N стоит на всех четырех баз и Ч стоит на {T, C, A}. Серия расположены вертикально, для дальнейшего удобства. Пиктограмма слева помогает в рисунках ниже. Заполненные элементы обозначают целые семьи здесь.

Рис. 2. Предыдущие наблюдения. (- ) Румер И.А., bisection. Целые семьи выступают против раскола те, повышая таким образом удобство осеннего код. Кодонов в отличие семей будут привязаны друг к другу с упорядоченный набор Румер И.А. трансформация и два с половиной-преобразований. Преобразование третьей базы тривиально, как они же, в любой семье, поэтому контракт представительства является достаточным, чтобы показать эту закономерность. Закономерность действует как для стандартных и euplotid (показано здесь) версии. (b) Классификация аминокислот на нуклон номера. Свободных молекул неизмененном на цитоплазматической среды показаны. Каждый из них формируется стандартный блок и боковой цепи. Блоки являются идентичными во всех аминокислот, кроме proline. Цепи являются уникальными для каждой аминокислоты. Число нуклонов, т.е. протонов и нейтронов, приведены для обоих блоков и цепей. Чтобы избежать двусмысленности, это является целесообразным рассмотреть только наиболее общих и стабильных изотопов: ¹H, ¹²C, ¹⁴N, ¹⁶O, ³²С. баре внизу показывает избыток аминокислот в коде. Поперечный разрез облигаций символизируют различие между стандартные блоки и уникальный стороны цепочки аминокислот. Стрелка в proline обозначает далее - “ключ активации” (см. Раздел 2.4).

Рис. 3. Цифровой симметрии десятичных цифр делится на 037. Ведущий ноль подчеркивает ее равноправного участия в симметрии. Всех трех цифр после десятичной точки с одинаковыми цифрами 111, ..., 999 делятся на 037. Сумма трех одинаковых цифр дает фактор число, деленное на 037. Аналогичная сумма для номеров с уникальным цифр дает центральный фактор в столбце. Цифры в эти числа связаны с циклических перестановок, зеркально симметричны в соседних столбцов. Кроме того, вместо того, чтобы отдел обеспечивает эффективный способ для выполнения контрольных сумм (см. Приложение C). Схема распространяется на десятичных знаков с более чем три цифры, если они представлены в - + 999×n, где n - фактор число, деленное на 999 и - - оставшаяся часть, в которой одна и та же симметрия, то применяется (для трех цифр после десятичной точки n = 0). Число делится на 037 и больше, чем 999 будет показано на этом пути.

Рис. 4. Структура сигнала. Все детали обсуждаются последовательно в тексте. Изображение весов представляет собой точную нуклон равенств. DEC стоит за отличие десятичных нуклон суммы. В пунктирных линий обозначает цитоплазматические баланса (см. Приложение D), только структура поддерживается фактические пролина и клеточной среде. Все другие шаблоны включены по “ключ активации” и действительны для свободных аминокислот. K стоит на {T, S}, M обозначает {A, C}. Хотя все три типа преобразований действовать в узоров, только Румер И.А. трансформация указывается для простоты.

Рис. 5. Гамов, сортировка кодонов в соответствии с их нуклеотидных базовый состав. Базовая комплектация (показано на треугольных рам) производят в трех сетах: 4 кодонов с трех одинаковых баз, 24 кодонов с уникальной базы и 36 кодонов с двух одинаковых баз. (- ) Первый и второй-устанавливает вдвое по вертикальной оси с Румер И.А., а половину-преобразования наряду с Спин→Против хода вращения преобразование обозначается круговой стрелки. Применяется для треугольных рам, эти стрелы определить последовательность оснований в кодонов. Обратите внимание, что при любой блок сумму (с ключом активации прикладной) делится на 037 в каждый блок имеет 74 = 2×037 нуклоны, цепи суммы не ограничен в этот путь. (b) Третий набор вдвое, в зависимости от того, идентичные базы пуринов и пиримидинов. (c) Третий набор вдвое, с горизонтальной оси в зависимости от того, уникальные базы пуринов и пиримидинов.

Рис. 6. Разложившиеся стандартный код. (- ) Разложения показано на одну семью из кодонов. Три Т-баз вклад три CYA молекул в T-множество, один-база вносит свой вклад один Стоп для установки и так далее для всего кода. (b) Одинаковых баз разбиты на четыре группы независимо от их положения в кодонов. Множеств показаны два раза, для удобства.

Рис. 7. Контракт euplotid код с систематизация правило (сравните с Рис. 2). (- ) В результате договоренности по контракту кодон серии формирование идеограмму. Side-by-Side выравнивание по вертикали серии производит три горизонтальные строки peer-позиционируется базы. Gln и л у того же числа нуклонов; неоднозначность в их позиционирование отменен симметрии рассматриваются. (b) Арифметические фоне идеограмму (действителен для стандартной версии, а также, как это вносит еще один ноль к III, II, I set). Для β и γ боковой цепи уровня см. в Разделе4.3 в Обсуждение.

Рис. 8. Дополнительные арифметической модели контрактных код (которые разделяют обе версии кода). (- ), Код делится в зависимости от того, первый базы пуринов и пиримидинов. Это дает два сета с одинаковым количеством серии. В вдвое с пиримидинов в первой позиции открывает новый баланс цепей и блоков, аналогичная той, в Рис. 7б. Другое вдвое является алгебраически зависимых кроме десятичной сумма его β, δ, ζ уровнях, см. Обсуждение, Раздел 4.3. (b), Код делится в зависимости от того, первый базы K и M (слева), или Центральной базы K и M (центр). Оба подразделения производят половинки с идентичным цепи нуклон суммы. Как алгебраическое следствие этих подразделений, серии с K в первой и Центральной позиции и серии с М в первой и Центральной позиции цепочки-сбалансированный (справа). Каждый из трех подразделений сопровождается половина-преобразований и, что удивительно, также производит одинаковое количество рядов, в каждом тайме. Эта модель является единственной, которая не показывает никаких делимости на 037. Тем не менее, все три номера - 654, 789 и 369 - снова конкретные в десятичной системе счисления, где цифр в каждом из них появляются в арифметической прогрессии.

Рис. 9. Модели краткосрочной (- ) и долгосрочной (b) верхней строки. Строки строятся с того же набора симметрий:зеркало симметрия (обозначается с Центральной вертикальной оси), перевод симметрия (обозначенные буквами, курсивом и перекос рамы) и пуриновых↔пиримидина инверсия (обозначается с цветовой градиент, где черно-белый стенд для пиримидинов и пуринами, соответственно). Образ ДНК вверху показано возможное толкование короткие строки (см. Раздел 4.4 в Обсуждение).

Рис. 10. Модели краткосрочной (- , b) и долгосрочной (a, c, d, e) в центре строки. Обе строки расположены с содержанием пуринов-пиримидина зеркало симметрия, пуринов↔пиримидина инверсия и семантическиесимметрии. Первые два обозначаются таким же образом как и в Рис. 9, π обозначает палиндром.

Рис. A.1. Молекулярные механизмы генетического кода (показано в случае аминокислота Серин) и простой пример его искусственной модификации. Контур стрелки указывают направление ДНК и РНК пряди, как определено в ориентации их подразделений (назначенным в биохимии, а 5′→3 " ориентации; репликации, транскрипции и трансляции произойти только в том направлении). (a) тРНК^Ser гена (генов тРНК, что указывает Ser в стандартный код) трансляции РНК-полимеразы с геномной ДНК. (b) В сложенном тРНК^Ser молекула (сверху), серина молекулы (в центре) и seryl-тРНК синтетазы (ТОРС, aaRS узнаваемым для аминокислота Серин; внизу). (c) ТОРС признает оба серина и тРНК^Ser и связывает их вместе. (d) Ser-тРНК^Ser освобожден от атипичной пневмонии и готовы были доставлены в рибосомы. (e) Процесс синтеза пептидов на рибосомы (например, мРНК с ген, отвечающий ТОРС себя не показана). (f) В результате фрагмент генетического кода (см. также является Ала группы, которые будут использоваться в пример ниже). (g)-k). Простым путем генетической модификации кода. Заштрихованная последовательности, в (j) соответствует области показано в (e).

Рис. B.1. Распределение вариант коды, их оценки для (a) нуклон равенств и (b) идеограмму симметрии. Размер выборки в обоих случаях будет один миллиард коды.

Рис. С.1. Похожими на десятичной системе, четвертичная система также отображает симметрии цифровой тройни, где 7 (013₄) действия, вместо того, чтобы 037.

Рис. D.1. Аминокислоты стандартный генетический код в виде круговой пептида (последовательность не имеет значения). Пептида путем суммирования стандартные блоки аминокислот в полимерную основу. Формирование каждого пептид облигации релизы молекулы воды сокращения каждая аминокислота блока до 56 нуклонов (55 в пролин). Asp и Glu потерять один Протон каждого из своих боковых цепей в цитоплазматической pH, в то время как Arg и л получить один Протон каждый (обозначается с -1 и +1, соответственно). Другие аминокислоты являются преимущественно в нейтральной в цитоплазматической среды (Alberts et al., 2008). В результате, нуклон сумма пептида костяк-это точно равны, что все его боковых цепей.